無人駅。YR3002号車をイメージした自動販売機は、ドリンクを買うと由利高原鉄道社員の音声が流れます。
運賃表
薬師堂駅全画面パノラマ （駅前・駅舎内・ホーム）
パノラマ撮影協力：パノ鉄本舗
| 住所 | 秋田県由利本荘市薬師堂字山崎70 |
| 電話 | 無人駅 |
| 営業時間 | ‐ |
| 駐車場 | ○ |
| トイレ | × |
| コインロッカー | × |
| 売店 | × |
| 備考 | サイクルトレインではこの薬師堂駅から下り(矢島方面)に自転車を持ってご乗車いただけます。 |
| 住所 | 電話 | 薬師堂駅から | 定休日 | 備考 | |
| 医薬神社 | 由利本荘市薬師堂字堂ノ下90番 | 徒歩１分 | |||
| 正乗寺 | 由利本荘市藤崎藤代131 | 0184-22-0914 | 徒歩17分 | ||
| 麺屋新月 | 由利本荘市薬師堂字中道121-1 | 0184-74-7380 | 徒歩１分 | 不定休 | 11:00～21:00 |
| 麺、喰い、工房 なかみち | 由利本荘市薬師堂字山崎74-1 | 0184-24-5568 | 徒歩１分 | 火曜日 | 11:00～15:00 17:00～22:00 |
| 宿名 | 住所 | 駅から | 電話 |
| サンネムホテルイン本荘 | 由利本荘市薬師堂字谷地256-1 | 徒歩14分 | 0184-74-6562 |
